Jerzy Nowakowski urodził się 1 stycznia 1947 roku w Przemyślu. Liceum Sztuk Plastycznych ukończył w Jarosławiu w 1965 roku, a w latach 1965-1971 studiował na Wydziale Rzeźby Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie w pracowniach profesorów: Mariana Koniecznego i Jacka Pugeta. Dyplom z wyróżnieniem uzyskał w pracowni docent Wandy Ślendzińskiej w 1971 roku.
W listopadzie 1971 roku został asystentem prof. Stefana Borzęckiego w Pracowni Rzeźby na Wydziale Rzeźby ASP w Krakowie. W latach 1977-1985 prowadził warsztaty rzeźby w metalu i Medalierstwo, a od 1985 roku pracownię dla studentów I roku Wydziału Rzeźby. Obecnie prowadzi pracownię rzeźby dyplomującą. Tytuł profesora otrzymał w 1994 r.
W latach 1981-1984 i 1987-1990 był prodziekanem Wydziału Rzeźby, a w latach 1990-1996 dziekanem tego wydziału.
Równolegle od ukończenia studiów nieprzerwanie zajmuje się rzeźbą i medalierstwem, również maluje. Rezultaty tej pracy pokazywał na wielu wystawach w kraju i za granicą, na wystawach indywidualnych i zbiorowych. Prace Nowakowskiego były nagradzane i wyróżniane na wielu konkursach i wystawach. Znajdują się w zbiorach muzealnych, galeriach oraz w kolekcjach prywatnych w kraju i za granicą. Jego prace posiadają m.in.: Muzeum Sztuki Medalierskiej we Wrocławiu, Muzeum w Chorzowie, British Museum w Londynie, Muzeum w Tarnowie, Muzeum Narodowe w Krakowie, Muzeum Dantego w Rawennie, Muzeum Puszkina w Moskwie, Muzeum Historyczne Miasta Krakowa, Muzeum Etnograficzno-Historyczne w Chojnicach, Muzeum Sportu i Turystyki w Warszawie, Muzeum Wojska Polskiego w Nowym Jorku, Towarzystwo Przyjaciół Sztuk Pięknych w Krakowie, Centrum Rzeźby Polskiej w Orońsku, Zbiory Galerii Związku Artystów Rzeźbiarzy w Warszawie, Światowe Centrum Intelektualne „OLIMPOS” w Grecji, Zbiory Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa, Zbiory Galerii Miasta Bergkamen, Zbiory Galerii Miasta Söllesborg (Szwecja), Zbiory Galerii Wydziału Rzeźby ASP w Krakowie.
Wrocławskie Muzeum Sztuki Medalierskiej od 1976 roku systematycznie gromadzi w swych zbiorach medale Jerzego Nowakowskiego budując jego autorską kolekcję. Od 1991 roku udostępniono wybór plakiet i medali na wystawie stałej „Współcześni Medalierzy Polscy”.
Od roku 1981 uczestniczył w Międzynarodowych Plenerach w Mirabel, w południowej Francji, organizowanych przez Stowarzyszenie Twórcze Nowa Darmstadzka Secesja i przez Künstlerhaus Ziegelhütte E.V. z Darmstadt, Niemcy.
W 2002 roku był współorganizatorem międzynarodowej wystawy „20 lat plenerów w Mirabel” w salonie wystawowym Pałacu Sztuki Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Pięknych w Krakowie.
Jest członkiem Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Pięknych w Krakowie, aktualnie pełni funkcję Sekretarza Odrodzonego Zarządu, należy do Stowarzyszenia Twórczego „POLART” w Krakowie, do Związku Polskich Artystów Plastyków oraz do Towarzystwa Przyjaciół Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie.
Za twórczość rzeźbiarską otrzymał nagrodę Miasta Krakowa w 1985 r., a w roku 2004 otrzymał „Złoty Laur” za „Mistrzostwo w Sztuce Rzeźbienia” za rok 2003, przyznawany przez Fundację Kultury Polskiej.